Ojciec Święty Jan Paweł II, po śmierci ks. Franciszka, napisał w telegramie przesłanym na ręce ks. bp. Szczepana Wesołego:
Bóg powołał do Siebie ks. prof. Franciszka Blachnickiego i śmierć ta napełnia smutkiem wiele ludzkich serc i środowisk. Odszedł gorliwy apostoł nawrócenia i wewnętrznej odnowy człowieka i wielki duszpasterz młodzieży. Z Jego inspiracji zrodził się specyficzny kształt życia oazowego na polskiej ziemi. Swoje liczne talenty umysłu i serca, jakiś szczególny charyzmat, jakim obdarzył Go Bóg, oddał sprawie budowy Królestwa Bożego. Budował je modlitwą, apostolstwem, cierpieniem i budował z taką determinacją, że słusznie myślimy o Nim jako o «gwałtowniku» tego Królestwa (por. Mt 11, 12).
Dziękujemy Bogu za wszelkie dobro, jakie stało się udziałem ludzi przez Niego. Modlimy się gorąco o pełnię światła i życia dla Jego duszy. Wieloraka działalność i służba Kościołowi i w Kościele, budzenie i ożywianie zaangażowania świeckich, zmaganie się o trzeźwość Narodu, troska o młodych i rodziny, uczyniły ks. Franciszka Blachnickiego niezwykłym świadkiem wiary. Stał się on bowiem głosem, który wzywał wszystkich świeckich, by na co dzień żyli tajemnicą Kościoła.
